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Smoothness estimation은 MonteCarlo simulation을 위해서 반드시 필요한 과정입니다.

SPM으로 영상 데이터를 분석했다면, SPM.mat 파일의 Field 값을 확인함으로써 smoothness를 확인할 수 있습니다.

>>load SPM; % SPM 결과 파일이 저장된 폴더에서 실행 >>M = SPM.xVol.M; % 변환행렬 정보를 가져옴 >>VOX = abs(diag(M)); % 대각행렬 정보가 볼셀 사이즈 >>FWHM = SPM.xVol.FWHM; % FWHM in voxel unit >>FWHMmm = FWHM.*VOX(1:3)'; % FWHM in mm unit >>disp(FWHMmm); 

SPM에서 Gaussian random field theory를 기반으로 smoothness를 estimation하고, 이것은 spm_est_smoothness을 통해서 계산됩니다. 

위의 과정을 통해서 확인한 FWHMmm 정보는 AFNI의 3dFWHMx의 명령어를 통해서 estimation한 smoothness와 완전히 동일하지는 않지만, 비슷한 수준의 값이 나와야 합니다. AFNI가 설치되어 있다면 다음과 같이 실행해 보세요. 

~>3dFWHMx -mask mask.hdr -input ResMS.hdr % SPM 결과 파일이 저장된 폴더에서 실행

여기서 얻은 smoothness를 기반으로 MonteCarlo simulation을 시행하면, 이것이 AlphaSim-corrected p-value가 됩니다.

관련 글은 다음의 링크에서도 확인이 가능합니다.
https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?A2=spm;bb3ad6d.1308

댓글
  • 프로필사진 adima 안녕하세요, 경성현님. 블로그 잘 읽고 있습니다. 아직 초짜 단계인지라 개념 이해가 잘 되고 있지 않은데... 질문이 있습니다. 만약 기능영상 노말라이즈의 voxel size는 3*3*3인데 이후 smoothing 단계에서 FWHM 값을 8*8*8로 넣어 보정해준다고 하면 하나의 커널 안에 포함되는 복셀 개수가 대략 8개 정도 된다는건가요? 이 FWHM의 크기는 어떻게 설정되는 것인가요...? 2015.06.24 14:29 신고
  • 프로필사진 경성현 질문하신 내용 중에 Smoothing 단계에서 FWHM 값을 8x8x8 로 보정해준다는 것이 무슨 의미인지 잘 모르겠습니다.

    위에 방법은 preprocessing 단계중 Smoothing 을 할때 FWHM을 몇으로 할지 결정하는데 사용되는 것이 아니고, multiple comparisons correction을 위한 MonteCarlo simulation에 필요한 데이터의 smoothness를 계산하는데 활용되는 방법입니다. AlphaSim 과 관련된 문헌을 살펴 보시면 도움이 될것 같습니다.
    2015.06.24 17:29 신고
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